技術簡介
16S rDNA是細菌分類學研究中最常用的“分子鐘”，其序列包含9個可變區(qū)（Variable region）和10個保守區(qū)（constant region）?？勺儏^(qū)因細菌而異，且變異程度與細菌的系統(tǒng)發(fā)育密切相關。通過檢測16S rDNA的序列變異和豐度，可以了解環(huán)境樣品中群落多樣性信息?；?6S rDNA的分析在微生物分類鑒定、微生態(tài)研究等方面起到重要作用。
擴增子測序就是通過對基因組目的區(qū)域進行PCR擴增，將目標區(qū)域DNA擴增富集后進行高通量測序的研究策略。目前擴增子測序服務主要包括細菌16SrDNA區(qū)/真菌ITS1區(qū)/真菌ITS2區(qū)/真菌18SrDNA區(qū)測序以及后續(xù)的數(shù)據(jù)分析工作，可有效研究特定環(huán)境中的物種信息，包括：物種差異、物種分類、物種豐度，對復雜環(huán)境中的微生物構成研究有重要的指導作用。
16S rDNA測序 : 16SrRNA為核糖體的RNA的一個亞基，16SrDNA就是編碼該亞基的基因，存在于所有細菌基因組。16S rDNA大小適中，約1.5Kb左右，同時具有高度的保守性和特異性。16S rDNA既能體現(xiàn)不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術較容易地得到其序列，目前已被廣泛用于病原菌的檢測和鑒定。
18S rDNA測序 : 18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結構上分為保守區(qū)和高變區(qū)，保守區(qū)反映生物物種間的親緣關系，高變區(qū)反映物種間的差異。
ITS 測序: 在真核生物中，18S rDNA和28S rDNA轉錄間隔序列稱為ITS區(qū)。ITS分為兩個區(qū)域：ITS1/ITS2，ITS1位于18S和5.8S之間，ITS2位于5.8S和28S之間。ITS由于是非轉錄區(qū)，承受的選擇壓力較小，變異強，目前已廣泛用于真菌分類鑒定。
功能基因測序: 功能微生物是在自然界中由于其功能的重要性而受到廣泛關注的一類微生物，如硝化細菌、反硝化菌、氨氧化細菌、硫酸鹽還原菌、固氮菌、固氮菌等。每種功能微生物在分類學上可能有很大不同，但卻具有相類似的基因使其能夠發(fā)揮同樣的功能，因此使這些功能細菌發(fā)揮這種特定功能的基因就稱為功能基因，如nxrA、nirS/nirK、amoA、dsrB、nifH、nifH。功能基因測序就是針對這些功能基因設計PCR通用引物，進行建庫高通量測序。
應用領域
- 物種進化
- 進化分析
- 物種豐度
- 基因發(fā)現(xiàn)
- 環(huán)境與生態(tài)研究
- 疾病和個體化醫(yī)療
送樣要求
1. 樣品形式可以是新鮮菌液、斜面培養(yǎng)基、平面培養(yǎng)基。
2. 鑒定結果一般可以鑒定到種。個別菌種由于微生物數(shù)據(jù)庫相關數(shù)據(jù)缺乏，只能鑒定到屬。如遇這種情況，正常收費。
3. 請您提供至少純化三次以上的菌株，由于菌種不純會導致測序出現(xiàn)套峰，因此鑒定結果會有所誤差。如遇這種情況，正常收費。
交付結果
微生物物種鑒定報告單(PCR電泳圖，物種鑒定對比結果)、測序圖譜。
